L’Università degli Studi di Bari prevista dal R.D. 30 settembre 1923 n. 2102 viene istituita con Decreto 9 ottobre 1924 sulle fondamenta delle antiche Scuole Universitarie di Farmacia e di Notariato attivate subito dopo l’Unità d’Italia in sostituzione dell’antico "Reale Liceo delle Puglie".

Nel gennaio 1925 viene istituita la Facoltà di Medicina e Chirurgia che incorpora la preesistente Scuola per Ostetriche e viene trasformata in Facoltà la Scuola di Farmacia.
Successivamente a queste si aggiungono le Facoltà di Giurisprudenza, Economia e Commercio (nata dalla regia scuola superiore di commercio fondata nel 1882) ed Agraria. Dal 1944 in avanti, l’Università verrà potenziata con la istituzione delle Facoltà di Lettere e Filosofia, Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, Ingegneria, Magistero, Medicina Veterinaria e Lingue e Letterature Straniere.

Con il Piano quadriennale 1986/90, approvato con DPCM 12 maggio 1989, viene prevista la realizzazione di poli universitari a Foggia e a Taranto. A Foggia vengono istituite infatti le Facoltà di Giurisprudenza, Economia e Commercio e Agraria, quest’ultima con il Corso di Laurea in Scienze delle preparazioni alimentari, la cui denominazione sarà successivamente modificata in Scienze e tecnologie alimentari, mentre a Taranto viene istituito il Corso di Laurea in Scienze Ambientali ad indirizzo marino decentrato dalla Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali di Bari.
Con lo stesso Piano quadriennale, viene altresì istituita la Facoltà di Architettura che confluisce nell’istituendo Politecnico di Bari unitamente alla Facoltà di Ingegneria scorporata dall’Università di Bari.

A seguito della Legge di riforma degli ordinamenti didattici universitari (n.341/90) e dell’approvazione del Piano di sviluppo delle Università per il triennio 1991/93, di cui al DPR 28 ottobre 1991, con DM 31 gennaio 1992 viene concessa l’autorizzazione ad istituire i seguenti Diplomi Universitari: Produzioni vegetali - orientamento "Protezione delle piante"; Produzioni vegetali - orientamento "Tecnica vivaistica ortofrutticola" (sede decentrata a Foggia); Produzioni animali - orientamento "Acquacoltura e maricoltura"; Produzioni animali - orientamento Maricoltura, pesca e trasformazione dei prodotti" (sede decentrata a Taranto); Operatore dei Beni Culturali; Giornalismo (sede decentrata a Foggia - non ancora attivato); Operatori Turistici (non ancora attivato); Traduttori e Interpreti (non ancora attivato); Scienze infermieristiche (sede decentrata a Foggia); Economia e gestione dei servizi turistici (sede decentrata a Foggia); Biologia; Tecnologie farmaceutiche (sede decentrata a Taranto).
Con lo stesso Piano triennale 1991/93 viene, inoltre, prevista la trasformazione in Facoltà (non ancora attuata) del Corso di Laurea in Scienze Politiche; la istituzione del Corso di Laurea in Economia Aziendale (sede decentrata a Taranto - non ancora attivato); l’inserimento dell’indirizzo terrestre al Corso di Laurea in Scienze Ambientali a indirizzo marino, già istituito in Taranto; la istituzione, con decorrenza 1 novembre 1993, del Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia, con sede in Foggia, per gemmazione dalla omologa Facoltà dell’Università di Bari.